Het bestuur is eindverantwoordelijk voor het realiseren van de strategie en het beleid van de Stichting de Waarden en voor de dagelijkse aansturing van de organisatie. Het bestuur bewaakt de koers, de missie en de ambities van de Waarden in relatie tot maatschappelijke, politieke en financiële ontwikkelingen. Het bestuur heeft de eindverantwoordelijkheid voor de kwaliteit en veiligheid van het onderwijs dat stichting de Waarden biedt.

Stichting de Waarden wordt geleid door de bestuurder, mw. dr. L. (Lucienne) J. R. Hoogwerf. Zij hecht grote waarde aan het karakter van haar organisatie, dat erop gericht is dat kinderen zich ontwikkelen tot zelfbewuste, omgevingsbewuste, tolerante en sociale mensen. De bestuurder legt verantwoording af aan de Raad van Toezicht.

De schooldirecteuren zijn belast met de algehele leiding van de school en geven direct leiding aan de medewerkers. De schooldirecteuren zijn met betrekking tot de resultaten verantwoording verschuldigd aan de bestuurder.
De directeuren van de scholen vormen gezamenlijk het Directeurenberaad van Stichting de Waarden. Het Directeurenberaad is sterk betrokken bij de beleidsvoorbereiding binnen de organisatie. Daarnaast biedt het periodieke overleg binnen het directeurenberaad de mogelijkheid tot afstemming op diverse terreinen, uitwisseling van ervaringen, het leren van elkaar alsmede het ondersteunen van elkaar.